サーバに仕様により、ドット[.]から始まる、いわゆるドットファイルはFTPソフト上で表示されません。

.htaccessファイル等、該当ファイルのアップロードはできますので、.htaccessの設定変更をご希望の場合には、修正を加えた.htaccessファイルをアップロードすることで設定変更内容を反映させることができます。